手把手教你提交晶体结构数据

科学家们往PDB数据库提交的晶体结构数据，也可以提交到国家微生物科学数据中心（NMDC）了！

在全民抗击新冠疫情的重要时期，中国科学院微生物所齐建勋研究员团队完成了新冠病毒S蛋白结构解析，并在文章发表前，第一时间将结构数据上传到了国际蛋白质结构数据库（PDB）和国家微生物科学数据中心。国家微生物科学数据中心接收数据后，当天完成数据审核后当天上线，PDB数据库在一个月后公布该结构数据，4月9日，国际著名期刊《Cell》正式发表相关文章，目前该数据已经在国家微生物科学数据中心（NMDC）被下载超过一万次。

国家微生物科学数据中心助力我国科学家快速发表数据及共享数据，第一时间发布的多条核酸序列、晶体结构等重要数据，对全球新冠病毒溯源研究、病毒感染机制解析、疫苗和药物开发起到了重要的作用。

那么究竟如何快速提交您的结构数据呢，小编手把手教您具体提交步骤~

首先来感受下数据提交服务亮点：

线上全流程数据汇交，为您带来便捷提交新体验

便捷数据提交 专业团队审核 快速数据发表

l 支撑中国科学家发表文章时的数据存储、共享。

l 支持微生物项目、样本、核酸序列、微生物基因组、宏基因组、微生物元基因组、转录组、蛋白质结构、期刊附件等多种类型数据提交。

l 支持国家重点研发计划、科技资源调查专项、国际合作专项等项目数据汇交。

l 数据当日提交三个工作日内完成审核并发放编号。

l 为每条数据提供DOI编号。

（图例来源为国家微生物科学数据中心数据提交页面）

NMDC网站可提交的数据类型共八种。包括生物项目数据（BioProject），即生物学研究项目信息进行收集整理的数据库，可以根据所产生的数据类型来识别一个项目；生物样本数据（BioSample）为一个中心位置，可与项目库链接，也可独立，用于收集病毒、细菌、真菌等微生物的菌株及样本、微生物环境样本（元基因组）描述信息；核酸序列数据（NucleotideSeq）收集16S rRNA、rRNA-ITS等特征基因片段以及其他微生物相关的核酸序列；原始组学数据（MSRA）收集管理测序产生的原始数据集；晶体结构数据（Structure）收集生物大分子(蛋白质、核酸等）的结构数据；期刊附件数据（Attchment）为生物学期刊提供文章的在线提交附件数据；基因组数据（Genome）收集拼接组装完整的基因组数据信息；宏基因数据（Metagenome）收集微生物宏基因组相关数据信息。各类数据之间采用线性、一对多、多对一的模式进行关联，从而形成“金字塔”式的信息组织与管理模式。

如何提交数据到NMDC？

1.注册账户

在NMDC网站第一次进行数据提交时需要先注册个人账户，按网站要求及个人真实情况填写即可，注册成功之后即可开始提交数据。

2.创建数据

创建晶体结构数据

晶结构数据库收集生物大分子(蛋白质、核酸等）的结构数据。

创建样本共有两个步骤。第一个步骤为填写提交人，联系人信息等，如果此数据由多方人员提供，可添加多个提交人和机构。其中姓名、邮箱及联系电话要准确填写，这些使我们可以用来及时联系用户。

第二步为填写基本信息，发布日期可选，审核后立即发布、期刊发布同步、指定日期发布可选择指定日期。结构信息填写，结构名称请写你所上传数据的官方结构名称，物种名称请填此结构所属物种的学名，PDB请填写此结构在PDB公开数据库中对应的编号，试验方法在所给X-Ray Diffraction、Electron Microscopy、Solution NMR、Neutron Diffraction、Election Crystallography、Solid-state NMR、Fiber Diffraction中进行选择。点击即可上传文件，文件格式可以为xml、odb、cif等，且文件大小不能超过10M。

选择是否关联文章，若不关联则选否，若关联则需要填写所关联文章的文章状态、期刊名称、文章标题，关联文章可添加多个。选择是否关联基金，若不关联则选否，若关联则需要填写所关联基金的类别，名称及编号，基金可关联多个。之后要选择数据访问协议类型，其中完全公开数据使用表示任何用户都可以访问、复制、收集和下载，而协议公开示用则表示用户使用此类数据时需征得数据提供者同意，点击选择后就要遵从此协议。

最后为预览界面，在此界面用户可以看到自己之前每一步提交所填写的信息，如果发现有哪一步填写错误，就可以点击上一步到那一步骤进行修改，如果检查无误即可点击提交，系统核验后会发送正式编号。

关于国家微生物科学数据中心的更多介绍：

国家微生物科学数据中心（National Microbiology Data Center ，NMDC）于2019年6月经科技部、财政部通知公布，由中科院微生物研究所作为依托单位建设。中心按照2018年国家发布的《科学数据管理办法》，承担微生物领域科学数据汇交管理、共享与服务工作。中心建立了微生物领域完善的数据体系，数据内容覆盖微生物资源、研究过程及工程、微生物组学、微生物技术、合成生物学等交叉学科以及微生物文献、专利、专家、成果等知识库，重点推进微生物领域科技资源向国家平台汇聚与整合，为科学研究、技术进步和社会发展提供高质量的科学数据资源共享服务。

中心官方网站链接：http://nmdc.cn/，打开网站主页：

国家微生物科学数据中心发布的数据编号，获得国际国内期刊认可：

可以支持我国科学家在《Nature》、《Science》、《Lancet》等国际著名期刊上发表文章时直接使用：

同样也支持在国内期刊发表文章时使用：

（图例来源：《生物工程学报》官网）

（图例来源：《微生物学报》官网）

（图例来源：《微生物学通报》官网）

（图例来源：《菌物学报》官网）

（图例来源：《生物工程学报》官网）

提交到国家微生物科学数据中心NMDC的数据可以选择多种共享方式，可以选择完全公开数据使用，也可以选择为协议公开。

（图例来源为协议公开新冠数据）

如果期刊要求作者提交文章附件（如图片、表格、音频、视频或其他格式文件等），也可以在数据提交页面进行期刊附件数据的上传。

（图例来源为协议公开期刊附件数据）

后续我们将推送期刊附件数据的详细提交步骤，敬请关注。

来国家微生物科学数据中心http://nmdc.cn/，获取更多精彩内容