如何写一篇家族分析文章（二）—家族分析实操（1）

首先，上一节我们介绍了木薯中Dof基因家族分析的一些基本内容，下面让我们进入实操部分。

此节，我们以草莓为例进行Dof基因家族的研究。

草莓基因组下载的网址一般有这么几个StrawberryGarden(http://strawberry-garden.kazusa.or.jp/),GDR(https://www.rosaceae.org/),NCBI(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/),JGI(https://genome.jgi.doe.gov/portal/).这里，我们草莓选择的是二倍体森林草莓的基因组，因为这一版基因组质量较好，此基因组下载自JGI数据库。

按照我们做家族分析的步骤，一点点的来！

1.数据及序列下载

分别下载了水稻(RGAP7网站http://rice.plantbiology.msu.edu/)中30个和拟南芥（TAIR10网站http://www.arabidopsis.org/）中36个Dof基因。

草莓基因组数据下载自JGI数据库，以Fragaria为关键字进行搜索，即可下载，记得要登陆才能下载！

下载下来是这样的一个压缩包，解压缩就可以了！

2. 草莓中Dof家族成员的鉴定

用到的软件：HMMER3.0,TBLASTN(我们这里用本地BLAST)

涉及到的网站：Pfam,SMART,GeneMark.hmm

Pfam号为：PF02701

2.1 接下来，我们用两种方式来产生hmmer3.0可以用的hmm文件：

第一种:

首先，我们先在Pfam数据库中下载PF02701对应的比对文件，格式为stockholm。

然后，下载hmmer3.0软件，我们下载windows版的即可。

最后，建立hmm文件：

首先，要将草莓全蛋白序列文件和比对文件放在hmmer3.0文件夹下：

其次，DOS命令窗口下运行hmmer3.0：

最后，利用hummbuild命令创建hmm文件：

第二种：直接从fam下载hmm文件，然后修改文件。

这样我们就有了hmm文件。

2.3 hmmsearch鉴定DOf蛋白

命令行为hmmsearch hmm文件 全蛋白序列 >结果文件(自己命名)

结果显示如下：

结果显示有七条序列符合要求，且e值均小于1e-5.

2.3用本地blast进行Dof蛋白的鉴定

这里我们用Bioedit软件中的本地BlastDof蛋白序列的搜索。

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最后，结合hmm结果，将野生草莓的dof序列保存到一个txt文本中。